勤怠管理システムは設定の内容により、いろいろな動きをします。

月給制の場合、遅刻・早退・欠勤などは控除時間として計上し、給与の控除時間として扱われます。
労働時間は給与計算に影響しない場合も多くあります。

時給制の場合、労働時間が給与に直結します。
遅刻・早退・欠勤などは控除時間として計上されるものの、給与は労働時間をもとに算出されます。
この場合、控除時間は参考程度で、労働時間が重要となります。

ある会社では正しいことが、別の会社では間違っている。

勤怠管理システムだけではなく、給与計算で扱われる項目の意味も把握していないと、お客様が期待するサポートはできません。

さらに、サポートする製品に精通している必要もあります。

勤怠管理システムのサポート担当者は相当なスキルを持ち合わせている方でないとできない専門職です。

製品のサポート窓口を活用するには、まず、自社の状況を説明し、担当者に理解してもらうことが、課題解決への近道になるかと思いますよ。